Dalla data della propria creazione fino ai nostri giorni, numerose sono state le occasioni che hanno visto il M.Y.K. in attività. Nel corso della Prima Guerra del Golfo del 1991, due O.Y.K. parteciparono alle operazioni di rafforzamento dell’ embargo ai danni dell’ Iraq del dittatore Saddam Hussein, effettuando 217 abbordaggi e perquisizioni di vascelli sospetti. Nel 1996, in occasione dell’ incidente dell’ isola di Imia (quando commandos turchi si introdussero illegalmente su suolo ellenico) l’ unità venne infiltrata su Imia e sulle isole circostanti con compiti di osservazione, in attesa di una soluzione politica alla crisi e del ritiro degli invasori musulmani. Nel corso delle violenze che sconvolsero l’ Albania nel 1997, il M.Y.K. venne incaricato di prendere il controllo del porto di Tirana e porre in essere il salvataggio di civili greci, cinesi e diplomatici arabi, nel corso di un’ operazione N.E.O. (Non-combatant evacuation Operation) che si concluse con un pieno successo.

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Il 22 giugno 2003, i commandos del M.Y.K. abbordano e pongono sotto sequestro un vascello in navigazione nel mar Ionio, ad ovest delle coste greche. Le autorità elleniche hanno lanciato l’ operazione grazie ad informatrive pervenute dai servizi di sicurezza esteri. Una volta a bordo della nave, gli operatori delle forze speciali della marina graca, vi hanno rinvenuto un carico di 680 tonnellate di esplosivo e circa 140.000 detonatori, del tipo in uso presso le miniere. Il vascello, dal nome di “Baltic Sky”, batteva bandiera delle isole Comoro, benchè di proprietà della compagnia Alpha Shipping, con sede nelle isole Marshalls (Pacifico). Diretto verso il Sudan (nazione spesso utilizzata da Al Qeada quale base di operazioni), aveva a bordo un equipaggio costituito da cinque ucraini (incluso il comandante) e due azeri, tutti trattenuti dalla Guardia Costiera greca per ulteriori indagini. Ad insospettire gli investigatori, il fatto che la nave fosse salpata dall’ Albania il 27 aprile precedente, avesse prelevato il carico di esplosivo in Tunisia e fosse ancora in viaggio verso il Sudan alla data del raid navale. Le bolle di carico, indicavano inoltre a bordo la presenza non di esplosivi, bensì di fertilizzanti.

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In occasione dei Giochi Olimpici di Atene 2004, il M.Y.K. ha condotto numerose esercitazioni, anche al fine di prepararsi ad un eventuale intervento di liberazione ostaggi a bordo delle navi da crociera ormeggiate nel porto del Pireo, che avrebbero ospitato i membri del comitato olimpico.