Nel 1996, l’ Australian Defence Force ordinò la scissione del 2nd/4th Battallion Royal Australian Regiment in due unità distinte, con il 2nd Regiment a divenire parte della 3rd Brigade di Townsville ed il 4th destinato a spostarsi presso Holsworthy (Sidney), per trasformarsi in un Battaglione Commando delegato ad operazioni speciali. Il nuovo 4R.A.R. (CDO), si sarebbe quindi concentrato sulle operazioni speciali, con enfasi sull’ inserzione tramite paracadute e dall’ acqua. Onde aumentare gli effettivi presenti nell’ unità (forte inizialmente di soli 200 uomini), un certo numero di operatori dello S.A.S.R. furono trasferiti presso il 4R.A.R. (CDO) ed un corso per la selezione di nuovo personale venne appositamente istituito. Nel 1999, i suoi elementi furono dispiegati a Timor Est, con compiti di protezione V.I.P. per la 1st Media Support Unit e di interpreti con le altre unità australiane. Il 4R.A.R. (CDO) sarà nuovamente presente a Timor Est dall’ aprile all’ ottobre 2001 (dispiegando un elemento comando, quattro compagnie di fanteria leggera e una compagnia di supporto), per poi far ritorno in Patria e completare la propria qualificazione di unità addetta alle operazioni speciali (interrotta proprio a seguito del dispiegamento a Timor Est). Grazie ad una consistente fetta di budget proveniente dai fondi della Difesa australiana, il 4R.A.R. (CDO) acquisì nuovo equipaggiamento e strutture addestrative. Nel settembre 2002, l’ unità ha visto l’ attivazione al proprio interno di un elemento Tactical Assault Group / Offshore Assault Team, responsabile per le operazioni di controterrorismo nel settore est dell’ Australia.
